Antigenennegatieve status wordt vooral in de klinische praktijk gebruikt bij bloedtransfusies en zwangerschappen. Het gaat om antigenen buiten het ABO-systeem, zoals Rh-systeemonderdelen (bijv. D is negatief), Kell, Duffy, Kidd, MNS en vele andere. Antigenennatieve bepalingen gebeuren via serologische testen (bijvoorbeeld agglutinatie, immunofluorescentie) of door flow cytometrie; in sommige gevallen kan genotyping helpen om aanwezigheid of afwezigheid van een antigen af te leiden. Soms is een antigen niet aantoonbaar terwijl het wel gedeeltelijk aanwezig is of in bepaalde weefsels tot uitdrukking komt, door testgevoeligheid of biologische variatie. Daarnaast kan het tijdelijk zijn of permanent, afhankelijk van de onderliggende oorzaak.
Een antigenennegatief resultaat kan wijzen op een genetisch afwezigheidsalleel (null-alleel), deletie of mutaties in het gen dat het antigen codeert, of op epigenetische silencing. Het kan ook veroorzaakt worden door ziekte of behandeling die antigenexpressie downreguleert. Het verschil tussen tijdelijk en permanent negatief is klinisch relevant, vooral bij transfusie en zwangerschap.
Bij transfusie betekent antigenennegatief zijn dat men mogelijk allo-antilichamen kan vormen tegen het ontbrekende antigen na blootstelling. Het vereist vaak selectie van antigene-negatieve donormoon of extra screening om transfusiecompabiliteit te waarborgen. Bij zwangerschap kan zwangerschapsverlies of immunisatie ontstaan als de moeder antigenen mist maar foetale antigenen aanwezig zijn. Genotyping kan aanvullend helpen bij twijfelachtige gevallen.