RNAfragmenttien

RNAfragmenttien are korte stukken RNA die ontstaan door cleavage, afbraak of verwerking van grotere RNA-moleculen. Ze kunnen van enkele nucleotiden tot enkele honderden nucleotiden lang zijn en ontstaan zowel in vivo door cellulaire enzymatische activiteiten als in vitro tijdens experimentele sample preparation. In cellen wordt RNA afgebroken door verschillende RNases en tijdens de verwerking van rRNA, tRNA en mRNA ontstaan ook fragmenten. Sommige fragmenten hebben een regulerende functie, zoals tRNA-gerelateerde fragmenten (tRFs) of snoRNA-afgeleide fragmenten, terwijl veel langere fragmenten simpelweg als afbraakproducten kunnen worden beschouwd.

In de genomica en moleculaire biologie spelen RNAfragmenten een dubbele rol. Ze kunnen als onderzoeksobject dienen om de afbraakprocessen en RNA-turnover te bestuderen, maar ze worden ook doelbewust geproduceerd tijdens library preparation voor hoge doorvoercapaciteit sequencing. Methodewijs wordt fragmentatie vaak gecontroleerd toegepast via enzymatische digestie (bijvoorbeeld RNases) of chemische/mechanische schuring, zodat RNA van de gewenste grootteklasse ontstaat voor sequencing.

Externe of circulerende RNAfragmenten (exRNA) worden aangetroffen in biofluïden zoals bloed, speeksel en urine en zijn vaak beschermd door vesikels of door eiwitbinding, wat hun stabiliteit verhoogt. ExRNA werkt mogelijk als biomarkers voor ziekten en fysiologische toestanden, hoewel interpretatie van functies en herkomst complex kan zijn.

Analytische benaderingen omvatten Northern blot, RT-qPCR, en zowel total-RNA- als small RNA-sequencing. Kwaliteitsbeoordeling van RNA-integriteit houdt rekening met de aanwezigheid en verdeling van fragmenten. Terminologie varieert per taalgebied; in sommige contexten verwijst RNAfragmenttien naar generieke RNA-fragmenten of naar specifieke klassen zoals rRNA-fragmenten, tRF’s en snoRNA-afgeleide fragmenten.