DNApureheid

DNApureheid verwijst naar de mate waarin een DNA-monster vrij is van verontreinigingen die de analyse kunnen verstoren. In laboratoriumpraktijken wordt zuiverheid vaak samen met DNA-kwaliteit en -integriteit beoordeeld, omdat verontreinigingen de nauwkeurigheid van toepassingen zoals PCR, sequencing en klonering kunnen beïnvloeden.

Veelvoorkomende verontreinigingen zijn eiwitten, resterende organische oplosmiddelen zoals fenol, chaotrope zouten en EDTA. Deze verontreinigingen kunnen enzymatische reacties remmen, polymerase-inhibitie veroorzaken en de betrouwbaarheid van analyses verminderen. De zuiverheid wordt meestal vastgesteld met spectrofotometrie of fluorometrie. Een NanoDrop- of vergelijkbaar instrument levert de verhoudingen A260/A280 en A260/A230. Voor DNA wordt een A260/A280 van ongeveer 1,8–2,0 beschouwd als indicatie van zuiver DNA, terwijl een A260/A230 van ongeveer 2,0–2,2 als ideaal geldt. Deze metingen kunnen verstoord raken door RNA-contaminatie of resterende oplosmiddelen.

Naast zuiverheid geeft de integriteit van DNA inzicht in de lengte en intacte structuur. Integriteit wordt vaak beoordeeld met agarose gel-elektroforese of capillair-elektroforese; lange, ongesneden fragmenten wijzen op betere integriteit dan sterk verweesde staalfragmenten.

Voor verwijdering van verontreinigingen worden onder meer silica-gebaseerde kolommen, magnetische beads en soms fenol-chloroform-extractie gebruikt. De keuze hangt af van het sampletype en de gewenste downstream-toepassing. Goede opslag en hantering, bijvoorbeeld bevriezen in aliquoten en opslag bij -20°C of -80°C, helpen om zowel zuiverheid als integriteit te behouden. DNApureheid is een cruciale kwaliteitsindicator, maar moet altijd worden geïnterpreteerd in combinatie met integriteit en concentratie.