DNAkwaliteit

DNAkwaliteit verwijst naar de geschiktheid van een DNA-monster voor beoogde toepassingen. Het begrip omvat zowel de kwantiteit (hoeveel DNA aanwezig is) als de kwaliteit (hoe intact en zuiver het DNA is). Een hoge DNAkwaliteit ondersteunt betrouwbare en reproduceerbare resultaten in moleculaire analyses.

Belangrijke indicatoren zijn zuiverheid en integriteit. Zuiverheid wordt meestal beoordeeld met absorptieverhoudingen A260/A280 (eiwitverontreiniging) en A260/A230 (organische verontreinigingen). Concentratie kan worden bepaald met fluorometrie zoals Qubit. De integriteit of fragmentatie wordt doorgaans beoordeeld met elektroforese of instrumenten als een Bioanalyzer, en uitgedrukt in fragmentlengte of een DNA-integriteitsindicatie.

Invloeden op DNAkwaliteit komen uit de bron en de afhandeling. Bloed, weefsel, speeksel en milieu-DNA verschillen in fragmentatiegraad en contaminanten. Opslag en handling zijn cruciaal; langdurige opslag of meerdere vries-ontdooicycli kunnen DNA afbreken. Verontreinigingen zoals eiwitten, heem, polyfenolen of oplosmiddelen verlagen de kwaliteit.

Impact op toepassingen: lagere DNAkwaliteit kan PCR- of sequencing-mislukkingen veroorzaken, korte fragmenten beperken de amplify- en library-mogelijkheden en kunnen leiden tot vertekening van resultaten. Daarom bepalen laboratoria per toepassing vereisten en adviseren indien nodig herextractie of een ander monster.

Kwaliteitscontrole en rapportage: routinecontrole omvat meting van concentratie en kwaliteit en vergelijking met gewenste drempels. Streefwaarden zijn vaak A260/A280 circa 1,8–2,0 en A260/A230 circa 1,8–2,2; concentratie wordt meestal gemeten met fluorometrie. De resultaten bepalen of het DNA geschikt is voor de volgende stap.