TAATsequenties

TAATsequenties verwijzen naar de korte DNA-motief TAAT, vier basen lang, die wijd verspreid voorkomen in genoomsequenties maar vooral betekenis krijgen wanneer ze terug te vinden zijn in cis-regulerende regio’s zoals promotoren en enhancers. Het motief dient als een potentiële bindingsplek voor transcriptiefactoren en kan daarmee bijdragen aan regulatie van genexpressie.

De TAAT-kern wordt door verschillende transcriptiefactoren herkend, waarbij sommige homeobox- of HOX-achtige eiwitten TAAT-cores herkennen. Hierdoor spelen TAATsequenties een rol in ontwikkeling en differentiatie. De regulatoire impact van een TAAT-site hangt sterk af van de omliggende sequentie en de chromatinetoestand, evenals van eventuele samenwerkende factoren die naast de TAAT-binding mogelijk zijn.

Voorkomen en distributie van TAATsequenties variëren tussen soorten en genoomregio’s. Ze kunnen geconcentreerd voorkomen nabij de transcription start sites of in clusters van regulatorische elementen. Vaak maken TAAT-sites deel uit van grotere motifs of vormen ze onderdeel van samengestelde regulatoire elementen waarin meerdere factoren samenwerken.

Detectie en onderzoek van TAATsequenties gebeurt grotendeels via genomische analyses. Sequentieonderzoeken identificeren TAAT-sites met motif-scans, en verrijkingsanalyses evalueren of TAAT-plaatsen overvloeien in bepaalde regulerende regio’s of bindingpatronen. Bevestiging van functionele binding en regulerend effect vindt vaak plaats met experimenten zoals EMSA, ChIP-seq en reporterassays.

Kritisch punt: TAAT is een kort motief, waardoor valse positieven een risiko vormen. Daarom is functionele validatie en contextuele interpretatie essentieel bij het afleiden van regulatory impact uit TAATsequenties. Zie ook Transcription factor binding site, Homeobox, Promotor, Enhancer, Motiefverrijking.