RNAherkenningsmotief

RNAherkenningsmotief, afgekort RRM (RNA recognition motif), is een veelvoorkomend eiwitdomein dat RNA-bindende eiwitten in staat stelt specifieke RNA-substraten te herkennen en te binden. Het komt voor in een grote groep eiwitten die betrokken zijn bij RNA-metabolisme, zoals splicing, RNA-export, translatie, en mRNA-stabiliteit. Een eiwit kan één of meerdere RRM-domeinen bevatten, wat mogelijkheden biedt voor combinatoriële RNA-specificiteit.

Structuur en conservatie: Het RRM is ongeveer 90 aminozuren lang en heeft een kenmerkende bèta/alpha-structuur met twee geconserveerde regio’s, bekend als RNP1 en RNP2. Deze motifs bevinden zich op respectievelijk beta-strengen 3 en 1 en dragen bij aan RNA-binding door middel van aromatische residuen die stabiele interacties met RNA-basen vormen. De interactie vindt meestal plaats op het oppervlak van een β-schaalvormig domein, waardoor het domein relatief flexibel is in termen van herkennen van variabele RNA-sequenties.

Functie enSpecificiteit: RRMs herkennen vaak korte RNA-motieven binnen niet-coderend en coderend RNA. Door meerdere RRMs in één eiwit kunnen diverse substraten herkend worden en kan binding differentiëren tussen vooropgestelde RNA-regio’s zoals poli-pyrimidine sites of splice-regio’s. Voorbeelden van belangrijke RRM-containing eiwitten zijn hnRNP A1, SRSF-family eiwitten en PTB; veel van deze eiwitten spelen sleutelrollen in pre-mRNA-splicing, mRNA-transport en translatiecontrole.

Variatie en verwantschap: RRMs zijn een van de meest voorkomende RNA-bindende domeinen in eukaryoten en komen ook in minder frequente vormen voor met variaties in structuur en aantal. Ze staan vaak in contrast met andere RNA-bindende domeinen zoals KH-, S1- of zinkfinger-domeinen, en kunnen in combinatie met andere domeinen de regulatorische netwerken van RNA beïnvloeden.

Betekenis: Kennis over RRMs is cruciaal voor het begrijpen van regulatie van RNA en van ziekten die samenhangen met RNA-processing.