RNAsequenties

RNAsequenties zijn sequenties van ribonucleotiden die de samenstelling en volgorde van een RNA-molecuul beschrijven. De basen in RNA zijn adenine (A), uracil (U), cytosine (C) en guanine (G). Een RNA-sequentie wordt meestal weergegeven in de 5' naar 3' richting als een opeenvolging van letters, bv. AUGCUA. RNA kan coderend zijn (mRNA) of functioneel zonder eiwitcodering (tRNA, rRNA en verschillende niet-coderende RNAs zoals miRNA en lncRNA). De volgorde bepaalt informatie, structuur en functie van het RNA-molecuul.

Sequencing en analyse: RNA-sequencing (RNA-Seq) meet transcript-niveaus en rauwe data worden via omslag van RNA naar cDNA verkregen en vervolgens uitgelijnd op een referentiegenoom of - transcriptome. Verzamelde sequenties worden opgeslagen in databanken zoals GenBank/EMBL/ENA, RefSeq en RNAcentral. Voor familie-indeling en functionele annotatie bestaan gespecialiseerde bronnen zoals Rfam. Voor structuur is aandacht voor de secundaire structuur mogelijk met voorspellingstools; notaties zoals dot-bracket geven de base-paardingspatronen weer.

Toepassingen en uitdagingen: RNA-sequenties maken analyses van genexpressie, transcript-structuur en alternatieve splicing mogelijk en ondersteunen ontdekking van nieuwe transcripts en vergelijkingen tussen soorten. Uitdagingen zijn onder meer de instabiliteit van RNA, de aanwezigheid van isoformen en post-translationele of post-transcriptionele modificaties (zoals m6A), die onbekomt in eenvoudige sequentiegegevens maar een cruciale rol spelen in regulatie en functie.