Peptidfragmenten

Peptidfragmenten zijn korte aminozuurketens die ontstaan uit de afbraak van grotere peptiden of eiwitten. Ze variëren in lengte en samenstelling en kunnen worden beschouwd als bouwstenen die overblijven nadat proteïneverbruik of proteolyse heeft plaatsgevonden.

Ze ontstaan door proteolyse, waarbij enzymen zoals proteasen eiwitten in kleinere fragmenten knippen. In het menselijk lichaam gebeurt dit onder meer tijdens de spijsvertering (bijvoorbeeld door pepsine en trypsine), maar ook in biotechnologische processen en voedselbereiding. Daarnaast kan chemische hydrolase-ontbinding peptiden opleveren. In laboratoria worden peptidefragmenten vaak doelbewust geproduceerd om eiwitstructuur te bepalen of om proteomische analyses uit te voeren.

In de proteomica spelen peptidfragmenten een centrale rol bij identificatie en sequencing van eiwitten. Bij massaspectrometrie (MS) en tandem MS (MS/MS) leveren fragmentatiepatronen belangrijke aanwijzingen op over de volgorde van aminozuren. De bekende fragmenttypen b- en y-ionen worden gebruikt om de volgorde van een peptide te reconstrueren en zo eiwitten te identificeren.

Toepassingen en betekenis zijn onder meer eiwitfroming en -sequencing, diagnostiek en voedingswetenschap. In voeding worden di- en tripeptiden uit eiwitten soms sneller dan vrije aminozuren opgenomen, en sommige peptiden hebben bioactieve eigenschappen. Fragmenten kunnen echter ook post-translationele modificaties of isomeren vertonen, wat de interpretatie bemoeilijkt.

Samenvattend zijn peptidfragmenten essentiële bouwstenen in biochemie en biologie, cruciaal voor onderzoek naar eiwitten, spijsvertering en voedseldiversiteit.