Peptidesequenties

Peptidesequenties beschrijven de volgorde van aminozuren in een peptide of eiwit. Een peptide is een korte polypeptideketen die is opgebouwd uit aminozuren die met peptidebindingen aan elkaar zijn gekoppeld. De volgorde van de aminozuren bepaalt grotendeels de structuur en functie van het molecuul. Sequenties worden meestal genoteerd vanaf de N-terminus naar de C-terminus, waarbij de N-terminus het begin en de C-terminus het einde vormt.

Aminozuren kunnen worden aangeduid met drielettercodes (bijv. Ala, Gly, Ser) of met éénlettercodes (A, G, S). Een sequentie kan dus worden geschreven als Ala-Gly-Ser of als A-G-S. In databanken komt sequentiegegevens vaak voor in FASTA-formaat: een korte headerregel gevolgd door de sequentie in één-lettercodes, zonder spaties.

Sequentiebepaling kan op verschillende manieren plaatsvinden. Edman-degradatie is een klassieke methode die stap voor stap de aminozuurvolgorde bepaalt, maar werkt vooral voor korte peptiden. Massaspectrometrie, vaak gekoppeld aan tandem MS, maakt fragmentanalyse mogelijk die de volgorde van aminozuren onthult; dit kan de novo sequencing of database-gedreven identificatie betreffen.

Toepassingen zijn onder meer identificatie en annotatie van eiwitten in monsters, studie van proteïomen, detectie van mutaties en post-translationele modificaties (zoals fosforylering of glycosylering). In genetica en biotechnologie wordt de sequentie vertaald uit mRNA door ribosomen, waardoor de primaire structuur van een eiwit ontstaat. Sequentiegegevens vormen een kernonderdeel van bioinformatica en biologie van eiwitten.