aminozuursequenties

Een aminozuursequentie is de lineaire volgorde van aminozuren in een polypeptide of eiwit. Deze volgorde vormt de primaire structuur en bepaalt grotendeels hoe een eiwit vouwt en welke functies het kan vervullen. Sequenties worden doorgaans uitgedrukt met one-letter codes (bijv. A voor alanine, K voor lysine) of met drielettercodes (Ala, Lys). De volgorde loopt van de N-terminus naar de C-terminus.

Sequenties worden meestal gecodeerd door DNA. Tijdens het transcriberen en vertalen wordt een mRNA-string gebruikt als matrijs om de polypeptide op te bouwen. Mutaties in een gen kunnen de aminozuurvolgorde veranderen en daarmee de functie van het eiwit beïnvloeden. Soms leiden alternatieve splicing of post-translationele modificaties tot isoformen die qua sequentie verschillen.

Bepaling en opslag: Historisch werd de volgorde bepaald met Edman-degradatie; tegenwoordig gebeurt dit vooral via massaspectrometrie en proteomische sequencing. Volgordes worden verzameld en gearchiveerd in databases zoals UniProt, GenPept (NCBI) en, als onderdeel van eiwitstructuurdata, PDB. Sequenties worden vaak geanalyseerd en uitgelijnd bij vergelijking van verschillende organismen of eiwitten.

Belang en toepassingen: De aminozuursequentie bepaalt conserved motifs, domeinarchitectuur en de mogelijkheid tot bind- en katalytische activiteiten. Sequentie-analyses ondersteunen fylogenie, functionele annotatie, mutantenontwerp en eiwitengineering. Ze vormen ook basis voor structurele voorspellingen en variantanalyse bij ziekten.

Beperkingen: De primaire structuur is slechts een beginpunt. De uiteindelijke drie-dimensionaliteit wordt sterk beïnvloed door omgeving, interacties en post-translationele modificaties die niet in de basisvolgorde zijn vastgelegd.