aminozuurpatroon

Een aminozuurpatroon, ook wel motief genoemd, is een specifieke volgorde van aminozuren in een eiwit die vaak functioneel of structureel relevant is. Patronen komen bewaard gebleven voor in verwante eiwitten en geven aanwijzingen over karakteristieke functies, zoals binding, katalyse of stabiliteit. In de bioinformatica worden deze patronen gebruikt om eiwitten te herkennen en te classificeren.

Representaties van aminozuurpatronen kunnen variëren. Ze worden vaak beschreven als een consensus- of patroonreeks, met behulp van regelmatige expressies, PROSITE-patronen of position-specific scoring matrices (PSSM). Ambiguïteit in de volgorde kan worden uitgedrukt met IUPAC-codes voor aminozuren. Voorbeelden van bekende patronen zijn onder andere het Walker A-motif GxxxxGKT bij P- runente NTPasen, en het N-glycosylatiepatroon N-X-S/T (waarbij X niet proline mag zijn). Een typisch zinkervat-motief in DNA-bindende eiwitten is Cys-X2-4-Cys-X12-His-X3-4-His.

Detectie en analyse van aminozuurpatronen omvatten vervolging van conserved sequences via multiple sequence alignments, motif-zoekprogramma’s (zoals MEME) en patroonmatching op databases zoals PROSITE. Patronen zijn nuttig voor functionele annotatie, eiwitfamilie-classificatie en het voorspellen van actieve sites of bindingsplaatsen. Ze bieden inzicht in evolutie en bouwplan van eiwitten, maar vereisen voorzichtigheid: korte of kansmatige patronen kunnen voorkomen zonder directe functionele betekenis, en de 3D-context bepaalt uiteindelijk de werking.