DNAbindende

DNAbindende wordt in de biologie gebruikt om moleculen of delen van moleculen aan te duiden die DNA kunnen binden. Doorgaans betreft het eiwitten die een DNA-bindend domein bevatten, maar ook kleine moleculen of peptiden kunnen DNA-bindend zijn. DNA-binding is fundamenteel voor processen zoals regulatie van genexpressie, DNA-replicatie en DNA-herstel.

DNA-bindende domeinen (DBDs) vormen herkenningspunten waarmee eiwitten specifieke DNA-sequenties kunnen herkennen of met DNA kunnen interageren. Voorbeelden zijn het homeodomein, zinkfinger-domeinen (C2H2), leucine-zipper, helix-turn-helix en helix-loop-helix, evenals winged-helix en OB-fold domeinen.

Binding kan sequence-specifiek zijn, waardoor een eiwit gericht genregulatie mogelijk maakt, of niet-specifiek, wat leidt tot structuurmodulatie of compacte interactie met DNA. Via contactpunten met de basen of met de phosphate-backbone kunnen DNAbindende eiwitten DNA buigen, positioneren of blokkeren, en zo de activiteit van polymerasen en andere factoren beïnvloeden.

Onderzoek naar DNAbindende factoren maakt gebruik van methoden zoals EMSA, DNA-footprinting, chromatin immunoprecipitation (ChIP), SELEX en structurele technieken (X-ray kristallografie, cryo-EM) om bindingspecificiteit, affiniteit en interacties te ontrafelen.

Relevantie: DNAbindende eiwitten spelen een sleutelrol in ontwikkeling, differentiatie en de reactie op signalen. Mutaties in DNAbindende domeinen kunnen leiden tot kanker, erfelijke aandoeningen en andere ziekten.