referentieallel

Referentieallel is de allele die overeenkomt met de sequentie van het referentiegenoom. In diploïde organismen heeft een individu op elk locus twee allelen: de referentieallel en een variantallel (alt), of twee referentieallelen, of twee alt-allelen, afhankelijk van iemands genotype. De referentieallel wordt bepaald door de referentie-assemblage die is gekozen voor de analyses, bijvoorbeeld GRCh38 bij menselijke studies of een soortspecifieke referentie bij andere organismen.

In praktische dataformaten worden de referentieallel en de variantallel vastgelegd in bestandsindelingen zoals VCF: REF geeft de referentieallel en ALT de waargenomen variant(en) aan. Het genotype-veld beschrijft de combinatie, bijvoorbeeld 0/0 voor homozygoot referentie, 0/1 of 1/0 voor heterozygoot, en 1/1 voor homozygoot alt; bij multi-alleliciteit kunnen ook 0/2 of 1/2 voorkomen.

Toepassingen en overwegingen: De referentieallel is essentieel bij variantbepaling, annotatie en populatiegenetica. Het bepaalt mede de afkomst van allel-frequenties en de interpretatie van mutaties. Een bekende beperking is bias veroorzaakt door het referentiegenoom: reads met niet-referentie allelen kunnen minder efficiënt worden gemapt, wat variantdetectie kan beïnvloeden, vooral bij populaties die veel afwijken van de referentie of bij niet-modelorganismen. Methoden zoals grafische referenties of pan-genoombenaderingen en cohort-specifieke referentie-updates proberen deze bias te verminderen.