herkenningssequenties

Herkenningssequenties zijn specifieke DNA-sequenties die door bepaalde DNA-bindende eiwitten herkend worden. In de moleculaire biologie verwijst de term vaak naar korte patronen waarop enzymen of regulerende eiwitten zich richten. De herkenning bepaalt waar een bewerking plaatsvindt, bijvoorbeeld waar een restrictie-enzym knipt of waar transcriptiefactoren genregulatie beïnvloeden. Kenmerken van herkenningssequenties variëren per eiwit, maar ze zijn vaak kort (meestal 4 tot 8 basenparen) en bij veel restrictie-enzymes palindromisch.

Palindroom betekent dat de sequentie op complementaire wijze op beide DNA-strengen hetzelfde leest, wat de werking van homodome eiwitten vergemakkelijkt. Niet alle herkenningsplaatsen zijn palindroom; bij Type IIS-enzymes kunnen de knipplaatsen elders liggen ten opzichte van de herkenningssequentie, waardoor de uiteindelijke DNA-snede buiten de exacte herkenning plaatsvindt.

Voorbeelden van bekende herkenningssequenties zijn EcoRI: GAATTC; HindIII: AAGCTT; BamHI: GGATCC. Deze enzymen knippen doorgaans binnen de herkenningssite en leveren vaak plakkende (overhangende) uiteinden op, wat kloneren mogelijk maakt.

Toepassingen van het begrip herkenningssequenties omvatten DNA-knippen voor klonering en plasmide-manipulatie, restrictie-analyse, moleculair diagnostiek en genexpressieonderzoek. Het juiste identificeren en gebruiken van herkenningssequenties is essentieel voor laboratoriumtechnieken zoals cloning, restrictie-digest en bepaalde vormen van genbewerking.