genenpakketten

Een genenpakket is een verzameling genen die gezamenlijk een specifieke biologische functie, pathway of proces vertegenwoordigen. De conceptie is dat complexe biologische verschijnselen beter begrepen kunnen worden door naar groepen genen te kijken in plaats van naar individuele genen.

Gene sets worden veelal gebruikt in de analyse van transcriptomics en andere omics-gegevens. Een belangrijk doel is het identificeren van over- of onderrepresentatie van bepaalde functies in een lijst van differentieel tot expressie gekomen genen, oftewel een gene set enrichment analyse. Dit helpt bij het geven van een samenvattend beeld van de biologie die onderliggende data drijft.

Bronnen en samenstelling: gene sets komen uit databases zoals Gene Ontology (GO), KEGG en Reactome, maar ook uit gespecialiseerde verzamelingen zoals Hallmark-sets of curated pathways. Ze kunnen handmatig zijn samengesteld of afgeleid uit automatisch gegenereerde netwerk- of padanalyses. Daarnaast bestaan er repositories zoals MSigDB waarin meerdere sets gecentraliseerd zijn.

Soorten en overwegingen: gene sets kunnen curatorisch samengesteld zijn of op basis van algoritmen afgeleid worden. Er bestaan zowel pathway-gerichte sets als sets die bredere processen omschrijven. Een kenmerk is dat sets vaak overlap vertonen, wat interpretatie compliceren kan. De kwaliteit en volledigheid van annotaties beïnvloeden de uitkomsten van de analyse.

Toepassingen en workflow: in een analyse stap je van genexpressiegegevens naar een lijst van differentieel tot expressie komende genen, gevolgd door een test voor verrijking (bijv. overrepresentatie of NES/FDR-gecorrigeerde scores). De resultaten leveren vaak functionele inzichten op die helpen de biologie achter de data te verklaren.