metatranscriptómica

La metatranscriptómica es el estudio de las transcripciones de ARN obtenidas de una comunidad microbiana en un entorno determinado, con el objetivo de entender qué genes están expresándose y qué funciones están activas en ese momento. A diferencia de la metagenómica, que describe la presencia de genes y potenciales metabólicos a partir de ADN, la metatranscriptómica aporta información sobre la actividad funcional real de los microorganismos.

El flujo de trabajo típico incluye la recolección de muestras ambientales o biológicas, la extracción de ARN total, y la eliminación de ARNr para enriquecer las moléculas mensajeras. Después se generan bibliotecas de cDNA y se secuencian, generalmente mediante plataformas de alto rendimiento. Los datos requieren control de calidad, eliminación de rRNA remanente y, a menudo, ensamblaje o alineamiento contra catálogos génicos y bases de datos de funciones. Se cuantifica la expresión de genes o rutas metabólicas, y se normaliza (por ejemplo, TPM) para facilitar comparaciones entre muestras. El análisis puede incluir la asignación taxonómica y la interpretación de regiones expresadas en funciones biológicas, así como análisis de expresión diferencial entre condiciones.

Las aplicaciones abarcan microbiomas ambientales (suelo, agua), microbiotas humanas y de otros organismos, permitiendo identificar rutas activas, respuestas a cambios ambientales, interacciones huésped-microbio y el uso de genes relacionados con resistencia o virulencia. Las herramientas y pipelines frecuentes incluyen enfoques para clasificación y anotación funcional, así como módulos para normalización y pruebas estadísticas.

Entre las limitaciones figuran la fragilidad del ARN, sesgos de extracción, la dominancia de ARNr, dependencias de bases de datos y la dificultad de inferir actividad a partir de la expresión. La metatranscriptómica se usa a menudo en conjunto con la metagenómica y otras disciplinas ómicas para obtener una visión integrada de la funcionalidad de las comunidades microbianas.