Eiwitsequenties

Eiwitsequenties zijn de lineaire volgorde van aminozuren waaruit een eiwit is opgebouwd. Deze primaire structuur bepaalt in grote mate de conformatie en de functie van het eiwit. De sequentie wordt gecodeerd door de genetische code en komen tot stand via transcription en translation: DNA wordt transcribeerd tot mRNA en vervolgens vertaald door ribosomen naar de specifieke volgorde van aminozuren. Eiwitsequenties worden vaak weergegeven met een eenlettercode voor aminozuren (bijv. M, A, D, S) of af en toe met een drielettercode.

Proteïne sequenties worden wereldwijd opgeslagen in databases zoals UniProt, NCBI Protein en EMBL-EBI. De FASTA-indeling is een veelgebruikte tekstindeling waarin de eerste regel een beschrijving bevat en de daaropvolgende regels de opeenvolgende aminozuren weergeven. Ze zijn essentieel voor bioinformatica, zodat men sequenties kan vergelijken, alinheren en analyseren.

Op basis van sequenties worden functies, domeinen en locaties voorspeld of bevestigd. Doorgaans wordt gekeken naar homologie met andere eiwitten om functionele kenmerken te herkennen. Analyses omvatten multiple sequence alignments, motief- en domeinanalyse (bijv. Pfam, InterPro) en vergelijkende evolutie-apparatuur zoals fylogenetische bomen. Relevante toepassingen zijn proteomics, genomische annotatie, functionele voorspellingen, en drug- of eiwitontwerp.

Variaties in sequenties door genetische mutaties of alternatieve splicing kunnen leiden tot isoformen of proteoformen met verschillende functies. Daarnaast kunnen post-translationele modificaties de activiteit en stabiliteit van eiwitten beïnvloeden, hoewel deze modificaties niet altijd in de basissamenstelling zijn opgenomen.