recombinatiefrequenties

Recombinatiefrequenties, afgekort RF, zijn de proportie nakomelingen waarin twee loci tijdens meiose door recombinatie van elkaar gescheiden raken. Ze geven aan hoe vaak de genetische informatie tussen twee genen of markeren daadwerkelijk wordt herschikt tijdens de voortplanting. RF wordt vaak bepaald in tweepuntige kruisen: een heterozygote F1 wordt gekruist met een homozygote recessieve tester, en het aandeel recombinante fenotypes onder de nakomelingen wordt getelde en gedeeld door het totale aantal nakomelingen.

De recombinatiefrequentie ligt tussen 0 en 0,5. Een RF van 0,5 betekent onafhankelijke assortering (geen koppeling tussen de loci). RF kan worden omgerekend naar een genetische kaartafstand in centimorgans (cM). Bij kleine afstanden geldt dat ongeveer 1% recombinatie overeenkomt met 1 cM, maar bij grotere afstanden wijkt de relatie af door meervuldige cross-overs. Om RF om te zetten in afstand worden vaak kaartfuncties gebruikt, zoals de Haldane-functie (d ≈ −0,5 ln(1 − 2·RF)) of de Kosambi-functie (d ≈ 0,25 ln((1 + 2·RF)/(1 − 2·RF))). RF veronderstelt meestal tweepuntskoppeling en kan onder invloed staan van interferentie, waarbij niet elke cross-over onafhankelijk gebeurt.

Beperkingen omvatten onder meer onderrekening bij meerdere cross-overs, verschillen in recombinatie tussen geslachten en regionale variatie in recombinatie-hoeveelheden. Desondanks zijn recombinatiefrequenties fundamenteel bij het opstellen van genetische kaarten, het bepalen van de volgorde van genen, en in verregaande analyses zoals QTL-onderzoek en planten- of dierenfokprogramma's. Moderne methoden vervangen lange tijd RF vaak door moleculaire markergestuurde kaartconstructie op basis van genomische data.