fragmentlengtes

Fragmentlengtes is een term die de grootte van fragmenten aangeeft die ontstaan bij het knippen of scheiden van moleculen, met name DNA. In de biologie worden fragmentlengtes meestal uitgedrukt in basenparen (bp) of kilobasenparen (kbp); bij korte fragmenten wordt soms ook het aantal nucleotiden (nt) genoemd. De fragmentlengteverdeling geeft aan hoe groot de fragmenten in een monster zijn en kan variëren van enkele tientallen tot tienduizenden basenparen.

Metingen van fragmentlengtes gebeuren met elektroforese (agarose of polyacrylamide) en capillair elektroforese, of met moderne microfluidics-systemen. Deze technieken leveren de lengteverdeling van de fragmenten en geven statistieken zoals het gemiddelde, de mediaan en de standaarddeviatie (of polydispersiteit) terug. De resultaten helpen bij het evalueren van de integriteit van DNA en de geschiktheid voor verdere verwerking.

In sequencing library preparation wordt de fragmentlengte expliciet gestuurd. Voor veel Illumina-libraries ligt de gewenste lengte bijvoorbeeld tussen 300 en 700 bp; fragmentatie met sonicatie of enzymatische methoden wordt toegepast om deze grootte te bereiken. De fragmentlengte-verdeling beïnvloedt de efficiëntie van sequencing, de leeskwaliteit en de dekking.

In forensische genetica wordt fragmentlengteanalyse gebruikt bij STR-typen. Capillair elektroforese bepaalt de fragmentlengte die samenhangt met het aantal herhalingen in STR-loci; fragmentlengtes variëren meestal van ongeveer 50 tot 500 bp. De lengte bepaalt de toegewezen allele en is cruciaal voor interpretatie, vooral bij mengmonsters en verzwakt DNA.

Samengevat geven fragmentlengtes een maat voor de grootte en integriteit van moleculaire fragmenten en vormen ze een fundamentele parameter in laboratoriumprotocollen en data-analyse, van cloning en sequencing tot forensische toepassingen.