Bioinformaticainfrastructuur

Bioinformaticainfrastructuur verwijst naar de combinatie van hardware, software en organisatorische praktijken die nodig zijn om bioinformatica-analyses en -diensten te leveren, beheren en delen. Het omvat computationele middelen, dataopslag en beveiliging, evenals de tooling en governance die reproducibiliteit en samenwerking mogelijk maken.

Belangrijke componenten zijn onder meer computationele middelen zoals high-performance computing-clusters en cloudgebaseerde platforms, vaak ondersteund door GPU-acceleratie voor intensieve berekeningen. Dataopslag en -beheer zijn cruciaal, met schaalbare opslagoplossingen, databanken en data lakes, plus back-up, provenance en metadatabeheer. Software en workflows ondersteunen reproduceerbare analyses; veelgebruikte systemen zijn workflowmanagers zoals Nextflow, Snakemake en Galaxy, gecombineerd met containerisatie (Docker, Singularity) en versiebeheer (Git).

Standaarden voor data en interoperabiliteit spelen een centrale rol. Typische bestandstypen omvatten FASTQ, BAM/CRAM en VCF, terwijl metadata-standaarden zoals MIxS en ISA-Tab, en ontologieën zoals Gene Ontology, zorgen voor vergelijkbare interpretatie en uitwisseling. Beveiliging en privacy zijn essentieel, met toegangscontrole, encryptie, auditlogs en naleving van wetten zoals GDPR/AVG.

Governance en sustainability vormen een deel van de infrastructuur: service-level agreements, kostenbeheer, capacity planning en beleid voor gegevensretentie en beschikbaarheid. Nationale en internationale initiatieven zoals ELIXIR in Europa en EOSC/EGI leveren gemeenschappelijke platforms en normen, en stimuleren samenwerking tussen onderzoeksinstellingen, industrie en overheden.

Doel van bioinformaticainfrastructuur is het versnellen van onderzoek, faciliteren van data sharing en waarborgen van reproduceerbare analyses in diverse -omics-domeinen.