RNAzuivering

RNAzuivering is het proces waarbij ribonucleïnezuur (RNA) uit biologische monsters wordt geïsoleerd en gezuiverd, zodat verontreinigingen zoals DNA, eiwitten en overige schadelijke stoffen worden verwijderd. Het doel is RNA van hoge zuiverheid en integriteit verkrijgen voor toepassingen zoals qPCR, RT‑PCR en RNA-seq.

Veelgebruikte methoden zijn kolom-gebaseerde spin-kits, magnetische bead-methoden en organische extractie zoals fenol/chloroform (bijv. TRIzol). Kolom- en bead-gebaseerde methoden leveren doorgaans snel RNA met weinig contaminanten op en vereisen minder hands-on tijd. Organische extractie kan hogere opbrengsten geven en is flexibeler bij bepaalde monsters, maar vereist zorgvuldige verwijdering van fenol en denaturerende reagentia en kan meer greïndelen achterlaten.

Belangrijke overwegingen zijn onder meer RNase-vrije omstandigheden, gebruik van RNasevrije tubes en reagents, en het werken snel om RNA-degradatie te voorkomen. De aard van het monster (cel- of weefselmonsters), de gewenste hoeveelheid RNA en de toepassing bepalen de gekozen methode. De zuiverheid en integriteit van RNA worden vaak beoordeeld met de A260/280- en A260/230-verhoudingen en met de RNA-integriteitscore (bijv. RIN) met een bioanalyseapparaat.

Toepassingen omvatten onder meer total RNA- of mRNA-gezuiverde extracten voor qPCR, RT-qPCR, RNA-seq en Northern blot. Opslag gebeurt meestal bij -80°C in onderverdeelde aliquots om herhaalde vriestijgingen te voorkomen. Veelvoorkomende uitdagingen zijn DNA-contaminatie, enzymatische inhibitie en resterende verontreinigingen die de downstream-analyses kunnen beïnvloeden.