Genotyperingsmethoden

Genotyperingsmethoden zijn technieken die worden gebruikt om de genetische varianten van individuen vast te stellen en daarmee het genotype op specifieke loci of op genomische schaal te bepalen. Ze kunnen gericht zijn op bekende varianten of op ontdekking van nieuwe varianten. In onderzoek en toepassing bestrijken ze klinische genetica, planten- en dierenselectie, forensische analyse en populatiegenetica.

Traditionele methoden omvatten Sanger-sequencing voor gerichte genotypering; RFLP (restriction fragment length polymorphism); AFLP (amplified fragment length polymorphism); microsatellietanalyse; allel-specifieke PCR en pyrosequencing. Deze benaderingen zijn meestal gericht op een beperkt aantal loci en vereisen vaak handmatige interpretatie, maar leveren hoge nauwkeurigheid per locus.

High-throughput en array-gebaseerde methoden zijn ontworpen om genotypen op duizenden tot miljoenen loci tegelijk te bepalen. SNP-genotyperingsarrays (microarrays) detecteren varianten in grote collecties monsters. Genotyping-by-sequencing (GBS), RAD-seq en andere reduced-representation sequencing-methoden leveren genomische genotypen tegen lagere kosten vergeleken met WGS. Voor volledige genotypering kan whole-genome sequencing (WGS) of exome sequencing worden gebruikt, gevolgd door bioinformatica pipelines voor variant calling en kwaliteitscontrole.

Belangrijke overwegingen bij het kiezen van een methode zijn markerdekking, nauwkeurigheid, doorvoer, kosten en de kwaliteit van het DNA. De keuze hangt af van het doel: diagnostiek, farmacogenomica, planten- of dierenselectie of forensische toepassingen. Geassocieerd met genotypering zijn data-analyse, variantannotatie en interpretatie cruciaal om biologisch relevante conclusies te trekken.