Geninhoud

Geninhoud verwijst naar de volledige set genen die in het genoom van een organisme aanwezig is, oftewel de verzameling functionele genen die door het DNA worden gecodeerd. Het begrip wordt veel gebruikt in de vergelijkende genomica en evolutie om te beschrijven welke genetische repertoires een organisme of stam bezit.

In de praktijk omvat geninhoud meestal zowel protein-coderende genen als RNA-genen die als functionele eenheden dienen. De geninhoud kan variëren tussen soorten en tussen individuals of stammen van dezelfde soort, door factoren zoals duplicatie, verlies en horizontale genoverdracht. Dit leidt tot verschillen in biologie, ecologie en vermogen tot aanpassing.

Een centrale notie bij geninhoud is het onderscheid tussen het kern-genoom en het accessoire-genoom. Het kern-genoom bevat genen die bij alle leden van een groep aanwezig zijn; het accessoire-genoom bevat genen die slechts bij sommige leden voorkomen. Het geheel hiervan wordt het pan-genoom genoemd. Een open pan-genoom blijft nieuwe genen verwerven bij toenemende sampling, terwijl een gesloten pan-genoom weinig of geen nieuwe genen toevoegt.

Methoden om geninhoud vast te stellen omvatten sequencing en annotatie van genomen, gevolgd door orthologieanalyse en aanwezigheid- en afwezigheidsanalyse. Dit vormt de basis voor pan-genoomstudies en vergelijkende analyses die inzicht geven in evolutie, ziekteverwekkers, klimaatadaptatie en biotechnologische toepassingen.

Beperkingen van de concepten rond geninhoud zijn onder meer afhankelijkheid van annotatiekwaliteit en claims over wat als een “kant-en-klaar” gen telt; regulatoire elementen en niet-coderende regio’s zijn soms buiten de strikte definitie van geninhoud gehouden.