DecoySequenzen

DecoySequenzen, auch als Decoy-Sequenzen bezeichnet, sind künstlich erzeugte DNA- oder RNA-Sequenzen, die in Sequenzierungs-Experimenten eingeführt oder in Referenzdaten aufgenommen werden. Sie dienen als bekannte Negativbeispiele, um Kontrollen zu ermöglichen, Qualitätsmetriken zu gewinnen und Fehlzuordnungen oder Artefakte wie Kontamination, Index-Hopping oder falsch zugeordnete Reads zu identifizieren.

Eigenschaften und design: Decoy-Sequenzen werden so konstruiert, dass sie keine signifikante Homologie zum Genom oder Transkriptom des untersuchten Organismus aufweisen. Sie können synthetisch erzeugt oder aus neutralen, wenig genutzten Regionen stammen. Typischerweise werden sie in bekannten Konzentrationen in die Bibliothek eingefügt oder in den Referenzindex aufgenommen, um eine konsistente Referenz zu liefern. Die Länge der Sequenzen variiert je nach Plattform, häufig im Bereich von Hunderten bis Tausenden Basen.

Anwendung: In der Bioinformatik werden DecoySequenzen verwendet, um Reads zu identifizieren, die eindeutig auf Decoys abgebildet werden, und um deren Auftreten zu quantifizieren. Sie dienen als interne Negative Controls, ermöglichen die Kalibrierung von Abundanzschätzungen und helfen, Fehlzuordnungen in der Datenanalyse abzuschätzen. In Laborprotokollen können Decoy-Sequenzen als Spike-ins oder Kontrollen für die Bibliothekspräparation und Sequenzierqualität dienen.

Vorteile und Limitationen: Der Einsatz von DecoySequenzen kann die Zuverlässigkeit von Interpretationen verbessern, erhöht jedoch die Komplexität von Upstream-Design und Downstream-Analyse. Sorgfältiges Design ist notwendig, um unbeabsichtigte Homologien zu vermeiden, und die Methode kann je nach Plattform und Studie unterschiedlich umgesetzt werden.

Siehe auch: Spike-in-Kontrollen, Synthetic controls, Decoy genome, Qualitätskontrollen.