séquençage

Le séquençage désigne l’ensemble des techniques qui permettent de déterminer l’ordre des unités constituant une information biologique ou numérique. En biologie moléculaire, il s’agit le plus souvent de déduire l’ordre des nucléotides de l’ADN ou de l’ARN, afin de reconstituer des génomes, des gènes ou des variants et d’étudier leurs fonctions.

Les technologies de séquençage se répartissent en générations. Le séquençage de Sanger, première génération, repose sur l’incorporation de nucléotides terminants et produit des lectures précises mais relativement courtes et lentes. Le séquençage à haut débit, ou séquençage de nouvelle génération (NGS), effectue des millions ou milliards de lectures parallèles, augmentant considérablement la vitesse et réduisant le coût. Les technologies de troisième génération offrent des lectures plus longues et directes à partir de molécules uniques, avec des plateformes comme PacBio SMRT et Oxford Nanopore, au prix d’exigences parfois plus importantes en matière d’analyse et de précision. Des approches intermédiaires comme le pyroséquençage ont aussi été développées par le passé.

Le flux de travail typique comprend la préparation d’échantillons et de bibliothèques, le séquençage, puis l’analyse des données: contrôle qualité, alignement sur un génome de référence ou assemblage de novo, détection de variants et annotation fonctionnelle. Les résultats soutiennent des domaines variés, notamment la génomique humaine, la microbiologie, la médecine personnalisée, l’écologie et la recherche fondamentale.

Depuis les années 1970 et 1980, le séquençage a connu une révolution technologique majeure, passant d’une méthode lente et onéreuse à des plateformes capables de générer des données volumineuses rapidement, alimentant des avancées majeures en biologie et en médecine.