sjukdomsvariant

Sjukdomsvariant är ett begrepp som används inom medicinsk genetik för att beskriva en genetisk variant som är kopplad till en sjukdom eller bidrar till sjukdomsutvecklingen. Variationen kan ligga i arvsgivarens (germline) genom och därmed predisponera för sjukdom, eller uppträda som en somatisk förändring i en vävnad, exempelvis i cancer. En sjukdomsvariant behöver inte alltid ge upphov till sjukdom hos alla som bär den, eftersom verkan kan påverkas av penetrans, expressivitet och miljöfaktorer.

Klassifikation och tolkning av sjukdomsvaranter följer vanligtvis standardiserade riktlinjer där varianten bedöms som patogen, sannolikt patogen, variant med osäker betydelse (VUS), sannolikt benign eller benign. En sådan bedömning baseras på faktorer som hur varianten förändrar proteinets funktion, populationsfrekvens, kliniska rapporter, funktionella studier och in vitro– eller in vivo–data. För klinisk användning krävs ofta sammanvägning enligt internationella riktlinjer, såsom de som används av ACMG/AMP.

Identifiering av sjukdomsvaranter görs genom genetisk testning som exom- eller genomsekvensering, ibland i kombination med kopplingsanalys och funktionella tester. Tolkningsprocessen skiljer mellan germline-varianters betydelse för ärftliga sjukdomar och somatiska mutationer i sjukdomar som cancer. Deras kliniska betydelse påverkar diagnostik, prognos och behandlingsval, inklusive möjligheter till riktade behandlingar och rådgivning om familjepåverkan.

Etiska och praktiska aspekter omfattar informerat samtycke, hantering av incidental-fynd och integritet. Databaser som ClinVar och populationsequencer används för att samla och jämföra data om sjukdomsrelaterade varianter. Begränsningar inkluderar varians av osäker betydelse och ojämn representation av olika populationer i kunskapsbasen.