sequencingtechnologieën

Sequencingtechnologieën verwijzen naar methoden om de volgorde van nucleotiden in DNA of RNA te bepalen. Ze variëren in throughput, leeslengte en foutprofiel en worden toegepast in biomedisch onderzoek, klinische diagnostiek en industriële toepassingen. Een gangbare indeling onderscheidt eerste generatie, tweede generatie en lange-leestoepassingen.

De eerste generatie, Sanger-sequencing, maakt gebruik van dideoxynucleotide-terminatie en capillair-elektroforese. Reads zijn relatief lang en zeer betrouwbaar, meestal tot circa 800–1.000 basen, maar de methode is traag en duur per base, waardoor ze vooral nog voor gerichte sequencing wordt gebruikt.

De tweede generatie, of next-generation sequencing, levert massaal parallel sequencing. Platforms zoals Illumina produceren miljoenen korte reads van ongeveer 50–300 bases. De kosten per basis zijn laag en de throughput hoog, maar korte reads vereisen soms complexe assemblage of referentiegenomen voor interpretatie.

Derde-generatie long-read sequencing omvat PacBio SMRT en nanopore sequencing. PacBio levert lange reads tot tienduizenden bases, nuttig voor voltooide genoomassemblages en detectie van structurele varianten; de foutkans per base is hoger maar kan worden verminderd met meerdere passes. Nanopore biedt nog langere reads, real-time data en de mogelijkheid om native DNA- of RNA-sequenties te lezen, met een nog hogere foutrate maar voortdurende verbeteringen.

Toepassingen variëren van de novo genome assemblies en re-sequencing tot transcriptomics, metagenomics en epigenetische analyses. De keuze voor een technologie hangt af van gewenste leeslengte, nauwkeurigheid, kosten en analyse-inspanningen. In klinische settings staan validatie en regelgeving centraal bij interpretatie van de resultaten.