Transcriptieassays

Transcriptieassays zijn analytische technieken die de hoeveelheid RNA-transcripten in biologische monsters kwantificeren. Ze vormen een basiscomponent van de transcriptomica en maken het mogelijk om genexpressieprofielen op te stellen, veranderingen in expressie tussen condities te evalueren en biomarkers te identificeren. De resultaten worden doorgaans geïnterpreteerd in termen van relatieve of absolute transcriptie-niveaus en vereisen passende normalisatie en kwaliteitscontrole.

Veel gebruikte benaderingen omvatten: reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR), een gerichte methode die preselecteerde transcripts met hoge gevoeligheid meet; digitale PCR (dPCR) voor absolute tellingen; DNA-microarrays, die expressiemetingen leveren over veel genen tegelijk maar afhankelijk zijn van vooraf ontworpen probes; en RNA-sequencing (RNA-Seq), een breed inzetbare techniek die tot op het niveau van elke transcriptie in kaart brengt en novel transcripts kan detecteren. Oudere technieken zoals Northern blot en in situ hybridisatie blijven relevant voor bepaalde toepassingen.

Een typische workflow omvat: selectie van monsters en extractie van RNA, kwaliteitscontrole van RNA, en omzetting naar cDNA bij RT-gebaseerde assays. Voor RT-qPCR en dPCR volgt kwantificatie; voor RNA-Seq wordt RNA gefragmenteerd en omgezet in libraries die worden gesequenced, gevolgd door data-analyse waarin leesaantallen worden genormaliseerd (bijv. TPM of counts per miljoen) en differentiële expressie wordt bepaald.

Transcriptieassays leveren inzichten in de regulatie van genen onder diverse biologische condities, zoals ontwikkeling, ziekte en behandeling. Beperkingen omvatten de selectie van ankertranscripten, biases in detectie en lineariteit, en de noodzaak van biostatistische analyse. Resultaten moeten voorzichtig worden geïnterpreteerd, aangezien RNA-expressie niet altijd overeenkomt met eiwitniveaus of functionele activiteit.