Peptideuitsluitingen

Peptideuitsluitingen verwijzen in proteomica en massaspectrometrie naar praktijken waarbij bepaalde peptide-ionen worden uitgesloten van selectie voor fragmentatie tijdens LC-MS/MS-analyses. Het doel is herhaalde sequencing van dezelfde peptide te voorkomen en de kans te vergroten dat minder overvloedige peptiden worden geanalyseerd, waardoor de proteoomanalyse efficiënter en vollediger wordt.

Er bestaan twee hoofdbenaderingen. Statistische (of statische) uitsluiting werkt via een vooraf ingestelde uitsluitlijst met m/z-waarden of peptide-sequenties die gedurende de run niet worden geselecteerd. Dynamische uitsluiting is een instrumentinstelling die na selectie van een peptide voor fragmentatie dit peptide tijdelijk uitsluit (bijvoorbeeld 15–60 seconden), zodat andere peptide’s kunnen worden geanalyseerd. Samen zorgen ze voor een beter gebruik van de massaspectrometrie en voor meer proteïne-coverage in shotgun proteomics.

Voordelen van peptideuitsluitingen zijn onder meer een toename van gedetecteerde unieke peptide’s, verbeterde proteïne-coverage en minder bias door enorm abundante eiwitten. Nadelen zijn onder meer het risico op het missen van bepaalde peptides als uitsluitingen te streng of verkeerd ingesteld zijn, en de noodzaak voor nauwkeurige massenspectrometrische calibratie en juiste experimentopzet. De optimale instellingen hangen af van de complexiteit van het monster, de gebruikte toestellen en de gewenste diepte van de proteoomanalyses.

Toepassingsgebieden omvatten meestal shotgun proteomics, zowel in labelvrije als label-gebaseerde kwantificatie, en workflows die DDA (data-dependent acquisition) gebruiken; dynamische uitsluiting is daarbij een gangbare techniek, terwijl DIA-onafhankelijke benaderingen anders omgaan met sampling. Zie ook uitsluitlijsten, dynamische uitsluiting, DDA en DIA.