Haplotypegebaseerde

Haplotypegebaseerde analyses verwijzen naar statistische en computationele benaderingen die haplotype-informatie gebruiken in plaats van uitsluitend individuele varianten. Een haplotype is een combinatie van allelen aan naburige loci die samen van ouders op nakomelingen worden doorgegeven. Door variatie langs een chromosoom te modelleren als haplotypes kunnen onderzoekers de genetische associaties en de structuur van populaties beter vastleggen dan bij analyses die alleen op SNP’s vertrouwen.

In de praktijk omvat dit fasing (het omzetten van genotype-data naar haplotypes), haplotype-blockdecompositie en haplotype-gebaseerde associatietesten, die vaak afhankelijk zijn van linkage disequilibrium (LD). Haplotype-imputatie met referentiepanels zoals de 1000 Genomes Project of andere populatie-gelijke bronnen wordt veel toegepast om ontbrekende varianten te voorspellen. Doelen zijn het verbeteren van de statistische power van GWAS, het opsporen van ziektegerelateerde varianten die overerven binnen haplotypen, en het reconstrueren van populatiegeschiedenis en migratiepatronen.

Voordelen van haplotypegebaseerde benaderingen zijn onder meer een betere exploitatie van LD-structuur, mogelijk hogere power in bepaalde contexten en de mogelijkheid om zeldzame varianten binnen haplotypen te groeperen. Nadelen omvatten afhankelijkheid van nauwkeurige fasing en representatieve referentiepanels, hogere rekeneisen en gevoeligheid voor populatie-specifieke haplotypes die minder goed buiten de oorspronkelijke populatie presteren. Veelgebruikte software en methoden omvatten tools voor phasing en haplotype-gebaseerde testen, zoals SHAPEIT, Beagle en IMPUTE, evenals haplotype-analyses binnen GWAS-pakketten.