FISHtechnieken

FISH-technieken, oftewel fluorescentie in situ hybridisatie, is een familie van moleculaire cytogenetische methoden die fluorescerende DNA- of RNA-probes gebruiken om specifieke sequenties in cellen of op chromosomen te lokaliseren. Door probes te koppelen aan fluorochromen kan men de aanwezigheid, positie en kopieaantal van doelsequenties waarnemen onder een fluorescentiemicroscoop. FISH wordt toegepast op metafase-preparaten en op interfasecellen, waardoor zowel chromosomale lokalisatie als genexpressie in weefsels kan worden bestudeerd. Belangrijke varianten zijn locus-specifieke probes, centromeer- en telomeerprobes, en whole-chromosome painting probes die elk chromosoom in een andere kleur tonen.

Methodisch onderscheidt men directe labeling van probes (fluorophore-aan probes) en indirecte labeling met haptens en antilichamen. Probes kunnen DNA- of RNA-sequenties zijn; RNA-FISH en single-molecule FISH (smFISH) bieden detectie van individuele transcripts. FISH wordt toegepast bij metafase-karyotypering en bij interfase-FISH voor detectie van kopieaantallen, deleties, duplicaties en translocaties. Multicolor FISH-technieken zoals M-FISH of Spectral Karyotyping (SKY) gebruiken meerdere fluorophoren om elk chromosoom apart te kleuren, wat chromosomale rearrangementen visueel identificeert.

Praktische workflow omvat cel- of weefselpreparatie, probe-labeling en hybridisatie, strenge wassen en detectie met een fluorescentie-microscoop, gevolgd door beeldanalyse. Toepassingen zijn breed: diagnostiek in klinische cytogenetica (bijv. translocaties zoals BCR-ABL), prenatale screening op aneuploïdie, en onderzoek naar genlokalisatie en chromatin-structuren. Beperkingen zijn onder meer de noodzaak van een bekende target-sequentie, beperkingen in resolutie en de afhankelijkheid van monsterkwaliteit.