fylogeografie

Fylogeografie is een vakgebied binnen de biogeografie en populatiegenetica dat de historische processen onderzoekt die de geografische verdeling van genetische variatie bij organismen verklaren. Door genetische data te koppelen aan geografische informatie probeert fylogeografie patronen van migratie, isolatie, demografische veranderingen en refugia te reconstrueren en zo de geschiedenis van populaties en soorten te ontrafelen.

Data en methoden: fylogeografie gebruikt vaak mitochondriaal DNA en chloroplast DNA, aangevuld met nucleaire markers en genome-wide SNP’s. Analyses omvatten haplotype-netwerken en fylogenetische bomen, coalescentie-gebaseerde inferentie, Bayesian skyline-methoden en ruimtelijke diffusie-modellen, om demografische geschiedenis en migratiepatronen te reconstrueren. Kalibraties met moleculaire klokken leveren geschatte tijdschalen op voor divergente lijnen.

Historische context en verwante velden: de term fylogeografie ontstond in de jaren tachtig en negentig, met invloedrijke bijdragen van Walter R. Avise. Fylogeografie richt zich op historische processen, terwijl landscape genetics hedendaagse gene flow en de relatie tussen populaties en het landschap bestudeert. Het veld integreert inzichten uit fylogenie, populatiegenetica en biogeografie en onderzoekt onderwerpen zoals postglaciale recolonisatie, refugia en biogeografische patronen van soortgroepen.

Toepassingen en beperkingen: fylogeografische inzichten worden toegepast in evolutiebiologie, biogeografie, conservatieplanning en ziekte-epidemiologie, bijvoorbeeld bij het reconstrueren van dispersie van pathogenen of van populaties met verspreide distribution. Beperkingen zijn onder meer samplingbias, onzekerheden in tijdschalen, complicaties door introgressie en hybridevorming, selectie en ontbrekende data die de inferences kunnen vertekenen.