Sequenzvergleiche
Sequenzvergleiche bezeichnen Verfahren zur Bestimmung von Ähnlichkeiten oder Unterschieden zwischen zwei oder mehr geordneten Symbolfolgen. Typische Anwendungsfelder reichen von biologischen Sequenzen (DNA, RNA, Proteine) über Textdaten bis hin zu Zeitreihen oder Melodien. Zentral ist das Ermitteln eines oder mehrerer Alignments, das Entsprechungen zwischen Elementen der Sequenzen herstellt und gegebenenfalls Lücken (Gaps) definiert, sowie das Ableiten eines Ähnlichkeits- oder Distanzmaßes.
Beim Sequenzvergleichen werden Übereinstimmungen, Unterschiede und Lücken durch Punkt- und Gap-Operationen bewertet. Globale Alignments optimieren die
Anwendungen und Herausforderungen
In der Bioinformatik dienen Sequenzvergleiche der Identifizierung homologer Sequenzen, der Funktions- und Strukturvorhersage sowie der Evolutionsforschung.
Das Ergebnis eines Sequenzvergleichs ist typischerweise ein Alignmentschema, ein Ähnlichkeits- oder Distanzwert sowie Einsichten in funktionale