Haplotypeblokken

Haplotypeblokken zijn regio's van het genoom waarin genetische varianten de neiging hebben samen te worden doorgegeven doordat historisch weinig recombinatie heeft plaatsgevonden. Binnen een blok bestaan veel varianten in sterke linkage disequilibrium, waardoor een beperkt aantal haplotypen door de populatie wordt gedeeld. Deze blokken reflecteren de LD-structuur van de populatie en worden vaak gebruikt om genetische associaties te onderzoeken.

Blokstructuur ontstaat door een combinatie van recombinatiepatronen en demografische geschiedenis, zoals populatiegrootte, bottlenecks en migratie. Recombination hotspots kunnen grenzen markeren; tussen deze grenzen treden minder recombinaties op, waardoor varianten binnen een blok vaak samen worden doorgegeven. De exacte grenzen variëren tussen populaties en hangen af van de gebruikte definities.

Identificatie en definities van haplotypeblokken berusten op LD-patronen. Een invloedrijke benadering is die van Gabriel et al. (2002), die blokken afbakent op basis van betrouwbaarheidsintervallen voor D' tussen SNP-paren. Andere methoden gebruiken de 4-gamete test of het spine of LD-principe. Software zoals Haploview implementeert Gabriel's methode en levert blokdiagrammen en tag-SNP-selectie.

Toepassingen en beperkingen: haplotypeblokken worden gebruikt om associatiestudies te vereenvoudigen door het gebruik van tag-SNPs en haplotype-gebaseerde tests, en om imputatie van ontbrekende varianten te verbeteren met referentiedatabases. Ze ondersteunen fijne mapping, maar de grenzen van de blokken zijn populatieafhankelijk; haplotypeblokken variëren tussen populaties en studies, waardoor interpretatie zorgvuldig moet gebeuren. Dit maakt ze een nuttig, maar geen universeel vast begrip van het genoom.