genomsökning

Genomsökning är processen att bestämma sekvensen av nukleotider i ett organisms DNA, med syfte att kartlägga genetiska variationer och mutationer. Den kan genomföras som helgenomsökning (WGS), där hela genomet kartläggs, eller som riktad sekvensering, till exempel exomsekvensering eller panelbaserade tester som fokuserar på ett urval av gener. Genomsökning används inom forskning, klinik och folkhälsa.

Arbetsflödet omfattar provinsamling, DNA-extraktion, bibliotekspreparering och själva sekvenseringen, följt av dataanalys som kvalitetskontroll, läsning och alignering mot ett referensgenom, de novo-assembly vid behov, samt variantkallning och annotering. Teknologiskt dominerar next-generation sequencing (NGS) med plattformar som Illumina; längre läsningar tillhandahålls av PacBio SMRT och Oxford Nanopore. Utdata inkluderar filer som FASTQ, BAM/CRAM och VCF.

Användningsområden inkluderar klinisk genetisk diagnostik för ärftliga sjukdomar, cancer, och farmakogenomik, prenatal och nyfödd diagnostik. Inom infektionssjukdomar används genomsekvening för identifiering av patogener, spårning av smittspridning och övervakning under utbrott. Inom jordbruk kan genomsökning användas för förbättrad avel, förståelse av genetisk mångfald och motståndskraft.

Trots möjligheterna är utmaningar kostnader, behov av stora datamängder och komplex tolkning av varianter. Täcks och plattformernas felprofiler varierar mellan teknologierna. Etiskt hänsyn tas till integritet, hantering av incidental findings, samtycke och frågor om data-delning och äganderätt.

Historiskt var Sangersekvensering dominerande fram till prisfall i samband med NGS, vilket möjliggjorde bredare användning av genomsökning. Framtiden pekar mot ännu billigare, snabbare tekniker och bättre tolkning genom integrering med AI.