copynumberklassen

Copynumberklassen zijn categorieën van kopieaantallen van DNA-segmenten die in genomen data kunnen variëren ten opzichte van het referentiegenoom. Ze vormen een basis voor de interpretatie van copy-number variaties (CNV’s), varianten die deleties, duplicaties en complexere patronen kunnen omvatten.

Klassensamenstelling: In analyse-workflows worden kopieaantallen meestal gerangschikt in discrete staten, bijvoorbeeld 0 (niet aanwezig), 1 (één kopie), 2 (diploïde normaal), 3, 4 en hoger (vermeerdere kopieën). In tumor- of somatische contexten kunnen variaties in ploidy en subclonale populaties leiden tot meer complexe klassen.

Detectie en analyse: Kopieaantallen worden afgeleid uit sequencing- of array-gegevens door normalisatie en segmentatie. Veel gebruikte benaderingen maken gebruik van sequencing-depth en B-allele frequency, aangevuld met statistische modellen zoals hidden Markov-modellen en segmentatie-algoritmes. Bij bekende ploidy- en zuiverheidswaardes kunnen kopieaantal klassen worden geïdentificeerd en geïnterpreteerd in biologisch relevante termen.

Toepassingen en uitdagingen: Copynumberklassen spelen een rol in population genetics, ziekte- en ziekteonderzoek, en tumordiagnostiek. Ze helpen bij het identificeren van CNVs die met een ziekte geassocieerd zijn en bij het volgen van tumorprogressie en respons. Uitdagingen zijn unter meer ruis, tumorheterogeniteit, mosaicisme en onzekere schattingen van ploidy.