chromatinemodellering

Chromatinemodellering verwijst naar de dynamische veranderingen in de structuur van chromatin die de toegankelijkheid van DNA voor transcriptie- en reparatiemechanismen regelen. Doordat DNA in nucleosomen verpakt is, bepaalt remodelen waar en wanneer genen kunnen worden gelezen. Deze processen zijn ATP-afhankelijk en worden uitgevoerd door chromatinemodelleringscomplexen.

Belangrijke families van remodelers zijn SWI/SNF, ISWI, CHD en INO80. Zij gebruiken energie uit ATP-hydrolyse om nucleosomen te verplaatsen, te verwijderen of histonvarianten te vervangen. Remodelers kunnen nucleosomen langs DNA schuiven, nucleosomen verwijderen of de positie van DNA rond een nucleosoom veranderen, wat de binding van transcriptiefactoren en RNA-polymerase beïnvloedt.

Remodellering regelt genexpressie door promoter- en enhancerarchitectuur te beïnvloeden, en speelt een rol in DNA-schadeherstel en replicatie. Het werkt vaak samen met histonmodificaties en histonvarianten, en wordt gericht naar specifieke loci door transcriptiefactoren en andere regulerende factoren.

Onderzoek naar chromatinemodellering maakt gebruik van technieken zoals ChIP-seq, ATAC-seq en MNase-seq, evenals structurele studies met cryo-EM. Misregulatie van remodelers is in verband gebracht met ontwikkelingstoornissen en kanker, wat dit gebied medisch relevant maakt.

---