Sequenzidentitäten

Sequenzidentitäten, im Deutschen auch Sequenzähnlichkeiten genannt, sind ein Maß für die Ähnlichkeit zwischen zwei DNA- oder Proteinsequenzen. Sie werden berechnet, indem die Anzahl der übereinstimmenden Basen oder Aminosäuren an denselben Positionen in den beiden Sequenzen gezählt wird. Ein hoher Prozentsatz an Sequenzidentität deutet darauf hin, dass die Sequenzen wahrscheinlich denselben evolutionären Ursprung haben oder ähnliche Funktionen erfüllen.

Die Berechnung von Sequenzidentitäten ist ein grundlegender Schritt in vielen Bereichen der Bioinformatik und Genomik. Sie wird verwendet, um Homologe zu identifizieren, die evolutionäre Beziehungen zwischen Organismen zu untersuchen und die Funktion unbekannter Gene oder Proteine vorherzusagen. Tools wie BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) sind weit verbreitet, um Sequenzähnlichkeiten schnell und effizient zu ermitteln.

Bei der Berechnung werden oft auch Lücken oder Einfügungen (Indels) berücksichtigt, die zu unterschiedlichen Sequenzlängen führen können. Dies geschieht durch Algorithmen zur Sequenzalignierung, die versuchen, die optimale Übereinstimmung zwischen zwei Sequenzen zu finden, indem sie diese mit Lücken versehen. Die resultierende Punktzahl oder der Prozentsatz gibt dann Aufschluss über die biologische Relevanz der gefundenen Ähnlichkeit. Eine hohe Sequenzidentität, insbesondere über größere Regionen, ist ein starker Indikator für eine funktionelle oder strukturelle Konservierung.