RNAverwerving

RNAverwerving verwijst naar de verzorging en stabilisatie van RNA tijdens elk stadium van monsterontvangst, opslag en verwerking, met als doel RNA-degradatie te voorkomen en de integriteit van het materiaal te behouden voor analyse. Het doel is betrouwbare en reproduceerbare moleculaire data.

Methoden omvatten chemische stabilisatie zoals RNAlater of het PAXgene Tissue System, directe bevriezing in vloeibare stikstof of opslag bij -80°C, en het vermijden van herhaalde bevriezing en onvolledige verwijdering van water. Een veilige omgang betekent RNase-vrije omgevingen, gebruik van RNasevrije buizen en pipet tips, geschikte beschermingsmiddelen en snelle verwerking van monsters.

Procedurele aspecten zijn onder meer het minimaliseren van de tijd tussen verzameling en stabilisatie, weefsel- of celmonsters onder koeling te verwerken, en waar nodig het gebruik van RNase-inhibitoren. Consistente protocollen voor opslag en transport dragen bij aan vergelijkbare resultaten tussen laboratoria.

Kwaliteitscontrole omvat metingen zoals het RNA-integriteitsnummer (RIN) of equivalenten en spectrofotometrische checks (A260/280, A260/230) om mogelijke verontreinigingen te detecteren. Evaluatie van fragmentatie via bioanalyzer of gel-elektroforese wordt vaak uitgevoerd. Voor veel toepassingen wordt een RIN van ongeveer 7–8 of hoger als aanvaardbaar beschouwd, afhankelijk van de downstream-techniek.

Toepassingen en uitdagingen: RNAverwerving is cruciaal voor transcriptomics, RT-qPCR en RNA-sequencing. Stabilisatieproducten kunnen sommige downstream-methoden beïnvloeden, en opslag- en verzendkosten, evenals risico’s op RNase-contaminatie, vormen voortdurende aandacht. Langetermijnopslag vereist doorgaans cryogene conditions.