Einzelzelltranskriptom
Das Einzelzelltranskriptom bezeichnet das vollständige Set der transkribierten RNA-Moleküle in einer einzelnen Zelle zu einem bestimmten Zeitpunkt. Im Gegensatz zur Bulk-RNA-Sequenzierung, bei der Signale aus vielen Zellen gemischt werden, ermöglicht das Einzelzelltranskriptom die Erfassung zellulärer Heterogenität, identifiziert verschiedene Zelltypen und Zellzustände sowie dynamische Prozesse wie Entwicklungs- oder Reifungsprozesse.
Die gängigen Methoden der Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-seq) verwenden mikrofluidische Droplet-Plattformen (z. B. Drop-seq, 10x Genomics) oder well-based
Typischer Workflow: Einzelzellen isolieren, Zelllyse, Umkehrtranskription, Bibliotheksvorbereitung, Sequenzierung; Daten: Rohcounts, Normalisierung, Qualitätskontrollen, Dimensionsreduktion, Clustering, Identifikation
Anwendungen reichen von der Entwicklungsbiologie über Neurowissenschaften, Krebs- und Immunforschung bis zur Untersuchung von Gewebearchitektur und
Herausforderungen umfassen technisches Rauschen, Dropout-Effekte (nicht erkannte Gene in einzelnen Zellen), Batch-Effekte, Datenkomplexität und hohen Rechenaufwand.