mikrobipopulaatioita

Mikrobipopulaatiot ovat mikrobien muodostamia populaatioita, jotka esiintyvät tietyssä tilassa ja ajassa. Niihin kuuluvat bakteerit, arkeonit, sienet, alkueläimet sekä mikrovirukset. Populaation koko ja koostumus riippuvat ympäristötekijöistä kuten ravinnosta, pH-arvosta, lämpötilasta sekä tilan koosta. Esimerkkejä ympäristöistä ovat maaperä, vesistöt sekä isäntäelin kuten ihmisen suolisto.

Koostumus ja tiheys määritellään sekä absoluuttisina määrinä (solujen tai virusten lukumäärä) että suhteellisina osuuksina eri ryhmille. Tutkimuksessa käytetään sekä kulttuuriin perustuvia että kulttuurittomia menetelmiä, kuten 16S rRNA -amplicon-sekvensointia, metagenomiikkaa, qPCR:ää sekä fluoresenssikuvantamiseen perustuvia menetelmiä (FISH). Tuloksia esitetään usein tiheyksinä sekä monimuotoisuusindeksien (esim. Shannon, Simpson) ja suhteellisten osuuksien muodossa.

Populaatioiden dynamiikkaan vaikuttavat kasvunopeus, kantokyky ja resurssien saatavuus sekä vuorovaikutukset muiden mikrobien, virusten ja isäntäorganismien kanssa. Säätelevät tekijät kuten kilpailu, mutualismi, predointi ja horizontaali geenislaisten tekijöiden muuttuminen vaikuttavat geneettiseen monimuotoisuuteen sekä populaation rakenteeseen.

Mikrobipopulaatioilla on keskeinen rooli ekosysteemeissä ja terveyteen liittyvissä asioissa. Ne osallistuvat ravinteiden kierrätykseen, orgaanisen aineen hajoamiseen ja isäntäorganismin terveyden ylläpitämiseen. Tutkimus näistä popualaatiosta kartoittaa sekä luonnontilaisten että ihmisen terveydelle merkittävien mikrobiyhteisöjen tilaa ja toimintaa sekä tunnistaa mittaamisen ja tulkinnan haasteita kuten otannan epävarmuudet ja analyysien vinoumat.