Primärsekvensen

Primärsekvensen, ofta hänvisad till som primärstruktur när man talar om proteiner, är den linjära ordningen av byggstenar i en molekyl. Hos proteiner är det aminosyrornas ordning i polypeptidkedjan, räknat från N-terminalen till C-terminalen. Hos nukleinsyror är primärsekvensen den linjära ordningen av kvävebaser i en DNA- eller RNA-polynukleotid. Primärsekvensen utgör den grundläggande informationen som avgör hur proteinet kan veckas till sekundär- och tertiärstruktur samt hur det fungerar och interagerar med andra molekyler. Genom genens information lagras denna sekvens i DNA och läses av via transkription och translation.

Den primära sekvensen bestämmer i hög grad proteinets egenskaper, inklusive funktion, bindningssätt och stabilitet. Mutationer i primärsekvensen kan leda till förändrad funktion eller sjukdomar, medan vissa förändringar är tolerera och ger nya egenskaper. För nukleinsyror påverkar primärsekvensen informationens innehåll och överföring under replikation och uttryck.

Metoder för att bestämma primärsekvensen har utvecklats från Edman-degradering till modern masspektrometri och höggenomströmningssekvensering. När DNA-sekvensen är känd kan proteinets primärsekvens härledas via den genetiska koden, vilket ofta dokumenteras med antingen tresystems (three-letter) eller one-letter amino acid-koder. Inom bioinformatik används jämförelser av primärsekvenser för evolutionsstudier och funktionell annotering.