Peptidsekvensen

Peptidsekvensen är den specifika ordningen av aminosyror i en peptid, räknat från N-terminalen till C-terminalen. Den utgör peptidens primära struktur och bestäms av genetisk information samt eventuella posttranslationella modifieringar. En peptid skrivs vanligtvis med tre bokstäver per aminosyra (t.ex. Gly, Ala, Ser) eller med en enskild bokstavskod (G, A, S). Peptider är i allmänhet kortare än proteiner, och deras sekvenser avgör deras kemiska egenskaper och funktioner.

Att fastställa peptidsekvensen kallas sekvensering. Traditionellt användes Edman-degradering, där N-terminala aminosyror stegvis tas bort. Idag dominerar masspektrometri (MS/MS) och de novo sekvensering eller jämförelse mot proteomdatabaser för att identifiera och bestämma sekvensen i komplexa prover. Sekvensen kan också härröra från den genetiska koden i ett transkriberat och translaterat DNA-område. Posttranslationella modifieringar, såsom fosforylering eller glykosylering, kan ändra massan och funktion utan att alltid synas i den råa aminosyrasekvensen.

Betydelse: Peptidsekvensen styr hur peptiden viker sig, hur den interagerar med receptorer och andra proteiner samt vilken biologisk aktivitet den har. En enda ändring i sekvensen kan radikalt ändra funktion eller leda till sjukdom. Inom proteomik används peptidsekvenser för att identifiera och kvantifiera proteiner i komplexa prover. Sekvenser lagras i databaser (t.ex. i FASTA-format) och används i olika analytiska och bioinformatiska sammanhang.

Noter: termen peptidsekvens kan också hänvisa till en fristående peptid eller ett fragment av ett större protein. Skillnaden mellan peptid- och proteinssekvens ligger främst i längden samt i kontexten där de studeras.