Peptidfragmente

Peptidfragmente bezeichnet allgemein die Bruchstücke von Peptiden, also kürzere Ketten aus Aminosäuren, die durch Spaltung der Peptidbindungen eines größeren Peptids oder Proteins entstehen. Sie entstehen primär durch enzymatische Spaltung (Proteolyse) durch Proteasen wie Trypsin, Chymotrypsin oder Pepsin, oder durch chemische Spaltungen wie Cyanogenbromid. In der Proteomik werden Proteine oft durch Enzymverdau in Peptidfragmente zerlegt, um deren Sequenz abzuleiten.

Bei der Massenspektrometrie werden Peptidfragmente in MS/MS in weitere Fragmente zerlegt, wodurch charakteristische Ionen wie B- und Y-Ionen entstehen. Diese Fragmentierungsmuster ermöglichen die Bestimmung der Sequenz der ursprünglichen Peptidkette. Die Länge, Aminosäurenzusammensetzung und Modifikationen beeinflussen die Bildung und Stabilität der Fragmente. Posttranslationale Modifikationen wie Phosphorylierung oder Methioninoxidation können die Fragmentierungsmuster verändern.

Anwendungen von Peptidfragmenten finden sich vor allem in der Proteomik und Biochemie. Sie ermöglichen die Identifizierung von Proteinen aus komplexen Proben, die Sequenzbestimmung einzelner Peptide, Epitope- oder Antigensanalysen sowie die Untersuchung von Proteolyseprozessen. Peptidfragmente dienen zudem der Biomarkerforschung und dem Verständnis von Proteinstukturen, indem sie Informationen über Abbauwege, Modifikationen und Interaktionen liefern.

Zusammenfassend spielen Peptidfragmente eine zentrale Rolle in der Identifikation, Sequenzbestimmung und funktionellen Analyse von Proteinen und deren Abbauprodukten.