DNAsidontaalue

DNAsidonta-alue, eli DNA-sidontamotiivi, on proteiinin alue, jonka tehtävä on sitoa DNA:han. Sidonta voi olla spesifinen, jolloin alue tunnistaa tietyn DNA-sekvenssin, tai ei-spesifinen, jolloin proteiini sitoutuu DNA:han laajemminkin. DNA-sidonta on keskeinen osa geenien säätelyä, replikaatiota, kromatiinin uudelleenmuokkautumista ja DNA-korjausta. Useimmat DNAsidonta-alueet ovat moduulirakenteisia: proteiini koostuu yhdistellyistä domeneista, joilla on omat tehtävänsä. Sidonta määräytyy usein DNA:n sokeri-fosfaattikehyksen konformaatioiden ja emästen kemiallisen vuorovaikutuksen perusteella.

Tunnetuimpia DNAsidonta-motiiveja ovat helix-turn-helix (HTH), leucine zipper -motiivit, sinkkifingermotiivit sekä homeobox-motiivit. Näiden motiivien kolmiulotteinen asettelu sekä positiivisesti varautuneet aminohapot mahdollistavat DNA:n negatiivisesti varautuneen fosfaattikehyksen sitoutumisen. Erityisesti promoteri- ja tehosterakenteiden säätelyyn liittyvän DNA:n sitoutuminen on tämän ryhmän keskeistä.

Tutkimuksessa DNAsidonta-alueiden tunnistamisesta ja toiminnan määrittämisestä käytetään esimerkiksi EMSA-analyysejä, ChIP-menetelmiä sekä rakenteellisia menetelmiä kuten röntgenkristallografia ja NMR. Tietokannat kuten Pfam ja SMART jäsentävät DNAsidonta-alueita niiden rakenteiden ja motiivien mukaan.

DNAsidonta-alueet ovat usein hyvin konservatiivisia eri eliöissä, mutta ne voivat esiintyä moninaisina yhdistelminä proteiineissa. Niiden tutkimus auttaa ymmärtämään geenien säätelyä sekä tukee bioteknisiä sovelluksia.