ATPbindingsplaats

De ATPbindingsplaats is het specifieke gebied in een eiwit waar adenosinetrifosfaat (ATP) bindt. Deze binding levert of reguleert de energie die nodig is voor chemische reacties, conformatiestappen of transportprocessen. ATPbindingsplassen komen voor in een breed scala aan eiwitten, waaronder enzymen, motorproteïnen en transporters, en zijn cruciaal voor het cellulaire energiemetabolisme.

Structurele kenmerken: Veel ATPbindingsplaatsen behoren tot de familie van P-loop NTPasen en bevatten de Walker A-motif (P-loop) met de sequentie GxxxxGKT/S. Samen met de Walker B-motif en Mg2+-binding vormen deze elementen de ligatie- en hydrolyse-omgeving. De exacte aminozuursamenstelling varieert per eiwit en aanvullende regio's zoals de A-loop kunnen de binding en communicatie met andere delen van het eiwit beïnvloeden.

Voorbeelden en diversiteit: Eiwitten met een ATPbindingsplaats zijn onder meer kinases, die ATP gebruiken om eiwitten te fosforyleren; ATPases zoals de Hsp70-familie, helicasen en motorproteïnen die energie leveren voor beweging; en transporters zoals ATP-bindende cassette (ABC) transporters die ATP gebruiken om substraten te transporteren.

Onderzoek en toepassingen: De ATPbindingsplaats wordt bestudeerd met kristallografie, cryo-EM en NMR, en via sequentie- en structurele analyses. In de geneeskunde vormen ATPbindingsplaatsen vaak doelwitten voor medicijnen: bijvoorbeeld kinase-inhibitors die het ATP-pocket blokkeren. Mutaties in deze site kunnen de activiteit van het eiwit beïnvloeden en bijdragen aan ziekten of medicijnresistentie.