inbreedingcoëfficiënt

De inbreedingcoëfficiënt, vaak afgekort als F, is een maat voor inbedding door verwantschap. Het beschrijft de kans dat twee allelen op een locus identiek door afstamming zijn (identiek door descent, IBD) bij een individu. In praktijk geeft F een inschatting van de mate van autozygotie binnen het genoom.

De traditionele pedigree-gebaseerde berekening bepaalt F aan de hand van de voorouders: F = Σ (1/2)^{n1+n2+1} (1+FA), waarbij A een gemeenschappelijke voorouder is, n1 en n2 het aantal generaties van het individu naar A via elk ouderpad zijn, en FA de inbreiding van A. Als de voorouder niet inbred is (FA = 0), vereenvoudigt de formule zich tot (1/2)^{n1+n2+1}. F ligt tussen 0 en 1; hogere waarden duiden op meer identiek door afstamming en dus een grotere kans op homozygotie.

Interpretatie en toepassingen: F geeft aan in welke mate een individu autozygoot is door verwantschap. Een hoge F verhoogt mogelijk het risico op recessieve aandoeningen en kan bijdragen aan inbreedingdepressie. Het wordt gebruikt in fok- en conservatieprogramma’s om genetische diversiteit te monitoren en op te sturen.

Schattingsmethoden: pedigree-gebaseerde schattingen gebaseerd op familiegeschiedenis, en marker-gebaseerde benaderingen met genetische data, zoals SNP-schattingen en ROH (runs of homozygosity). ROH-gebaseerde F, uitgedrukt als F_ROH, geeft de verhouding lengte ROH aan ten opzichte van het totale genoom en weerspiegelt recente inbreeding.

Beperkingen omvatten afhankelijkheid van de volledigheid van de genealogie en het vergt voldoende genetische data voor nauwkeurige marker-gebaseerde schattingen. Zie ook verwantschapscoëfficiënt en inbreedingdepressie.