genuttrycksprofilering
Genuttrycksprofilering är en metod för att mäta uttrycket av tusentals gener samtidigt i en cell eller vävnad. Syftet är att få ett övergripande uttrycksmönster som kan avslöja cellens tillstånd, till exempel sjukdom eller svar på behandling. Vanliga tekniker är DNA‑mikromattor (microarrays) och moderna RNA‑sekvenseringstekniker (RNA‑seq).
Metoderna består av att extrahera RNA, omvandla det till cDNA, märka eller sekvensera och kvantifiera uttrycksnivåerna.
Dataanalys inkluderar differential expression‑analys mellan villkor, klustring, dimensionell reduktion (PCA, t-SNE) och klassificering. Resultaten används ofta
Begränsningar inkluderar att mRNA‑nivåer inte alltid speglar proteinnivåer, samt biologiskt och tekniskt brus, batch‑effekter och behov
Öppna databaser som Gene Expression Omnibus (GEO) och ArrayExpress samlar uttrycksdataset som används för jämförande studier