genuttrycksprofilering

Genuttrycksprofilering är en metod för att mäta uttrycket av tusentals gener samtidigt i en cell eller vävnad. Syftet är att få ett övergripande uttrycksmönster som kan avslöja cellens tillstånd, till exempel sjukdom eller svar på behandling. Vanliga tekniker är DNA‑mikromattor (microarrays) och moderna RNA‑sekvenseringstekniker (RNA‑seq).

Metoderna består av att extrahera RNA, omvandla det till cDNA, märka eller sekvensera och kvantifiera uttrycksnivåerna. Microarrays bygger på hybridisering mot kända DNA‑prober och mäter signalstyrka; RNA‑seq ger heltäckande och mer dynamiska data. Efter datainsamling genomförs kvalitetskontroll, normalisering och korrigering av batch‑effekter.

Dataanalys inkluderar differential expression‑analys mellan villkor, klustring, dimensionell reduktion (PCA, t-SNE) och klassificering. Resultaten används ofta för att identifiera sygdomsrelaterade gens, biologiska pathways och prediktiva biomarkörer. I klinikforskning används profilering bland annat för cancersubtyper och bedömning av läkemedelsrespons.

Begränsningar inkluderar att mRNA‑nivåer inte alltid speglar proteinnivåer, samt biologiskt och tekniskt brus, batch‑effekter och behov av robust statistisk tolkning. Tolkningsbarhet kan vara utmanande när man försöker koppla mönster till funktionella mekanismer.

Öppna databaser som Gene Expression Omnibus (GEO) och ArrayExpress samlar uttrycksdataset som används för jämförande studier och metodutveckling.