Serotyypitys

Serotyypitys on mikrobien antigeenipohjainen luokittelu, jossa yksittäinen kanta tai virusryhmä määritetään sen pinnalla olevien antigeenien perusteella. Tällaiset antigeenit voivat olla kapselin polysakkarideja, lipopolysakkaridia, proteiineja tai muita pinnan rakenteita. Serotyypitys on erityisen kehitetty bakteereille ja viruksille, joissa antigeeninen vaihtelu liittyy kantojen erottamiseen.

Käyttökohteita ovat epidemiologinen seuranta, tartuntatautien valvonta sekä rokotteiden suunnittelu ja seuranta. Esimerkiksi Streptococcus pneumoniae -kapselimerkkityypit ja Escherichia coli -O- ja H-antigeenit sekä Salmonella- ja Neisseria-kantojen serotyypit auttavat seuraamaan taudinaiheuttajakohtaisten kerrostumien leviäminen ja mahdollistaa kohdennetut toimenpiteet. Myös virusten, kuten influenssan tai rotavirusen, serotyypitystä käytetään neutraalointitestien ja muiden serologisten menetelmien kautta.

Menetelmät perustuvat serologiaan, jossa anti-eri-tyypin vasta-aineet reagoivat vastaavien antigeenien kanssa. Perinteisiä menetelmiä ovat nopeat agglutinaatio- ja havaitsemismenetelmät mikrotiloissa sekä putkitasoiset kokeet. Jonkin verran käytetään myös molekyylipohjaisia lähestymistapoja, kuten PCR- tai sekvensointipohjaisia arviointeja, joilla voidaan päätellä serotyyppi genomin osien perusteella.

Rajoitteet liittyvät antigeenien ristireagointiin, mataliin reaktioihin sekä siihen, että jotkut kannat voivat olla serotyypittömiä tai non-typeable-tilassa. Moderni tilastointi ja valvonta yhdistävät serotyypityksen yhä useammin molekyylityypitykseen tarjoamalla laajempaa ja nopeampaa kantojen tunnistusta. Serotyypitys on ollut tärkeä osatekijä tartuntatautien historiaan ja edelleen keskeinen väline taudinpurkauksien seuraamisessa.