RNAsekvensseistä

RNAsekvensseistä, eli RNA-sekvensointi, on molekyylibiologian tekniikka, jolla määritetään RNA-molekyylien tarkka emäsjärjestys. Tämä menetelmä on keskeinen työkalu geenien ilmentymisen tutkimisessa, sillä RNA-molekyylit ovat kopioita DNA:sta ja niiden määrä sekä tyyppi kertovat aktiivisesti luettavista geeneistä. RNAsekvensseistä mahdollistaa myös erilaisten RNA-molekyylien, kuten mikroRNA:iden ja pitkien ei-koodaavien RNA:iden, tunnistamisen ja kvantifioinnin.

Tekniikka perustuu yleensä korkean suorituskyvyn sekvensointiteknologioihin, jotka pystyvät lukemaan miljoonia DNA- tai RNA-molekyylifragmentteja samanaikaisesti. Ennen sekvensointia RNA eristetään biologisesta näytteestä, kuten solukosta tai kudoksesta. Tämän jälkeen RNA voidaan muuntaa cDNA:ksi (komplementaarinen DNA) entsyymien avulla, mikä helpottaa sekvensointia. Valmistetut sekvenssifragmentit vertaillaan sitten referenssigenomiin tai transkriptomiin, jotta voidaan tunnistaa, mistä kohdista genomia ne ovat peräisin ja kuinka paljon kutakin RNA-tyyppiä näytteessä on.

RNAsekvensseistä -tiedon avulla voidaan tutkia monenlaisia ilmiöitä. Se auttaa ymmärtämään, miten geenien ilmentyminen muuttuu esimerkiksi sairauden aikana, erilaisten hoitojen vaikutuksesta tai kehityksellisten prosessien myötä. Tekniikkaa käytetään laajasti niin perustutkimuksessa kuin lääketieteellisessä diagnostiikassakin, esimerkiksi syövän tai kehityshäiriöiden tutkimisessa. Sen avulla voidaan myös tunnistaa uusia RNA-molekyylejä ja ymmärtää niiden toimintaa soluissa.